L'origine ipogenica delle principali cavità umbre e marchigiane (Grotta di Monte Cucco, Grotte di Frasassi, Buca di Faggeto Tondo, Voragine Boccanera, Grotta Ferrata, Buca delle Tassare, Grotte di Acquasanta, Grotte di Parrano, Pozzi della Piana, Buche di Monte Civitelle, Grotta di Cittareale) è oramai certa. Solo poche eccezioni (Grotta del Chiocchio, Buca della Valcella, Abisso del Boschetto, Buco Bucone) si discostano da tale meccanismo che prevede la dissoluzione delle rocce calcaree per l'azione di fluidi termali (allo stato liquido e/o allo stato gassoso), fortemente acidi, risalenti dalle parti profonde della crosta terrestre. Altrettanto importante è la speleogenesi dovuta alla presenza di flussi di anidride carbonica che permea, dal basso verso la superficie, la rete di fratture delle rocce sedimentarie (Abisso Secondo di Monticelli).
Le precipitazioni meteoriche (epigeniche) hanno certamente contribuito alla formazione dei sistemi sotterranei, sia partecipando alla creazione di un reticolo di drenaggio di minime dimensioni ( quasi sempre impenetrabile all'esplorazione diretta) che segue la rete di fratture ed interseca i sistemi ipogenici, molto più grandi ed estesi, sia fornendo grandi quantità d'acqua per il trasporto verso l'esterno dei fluidi ipogenici saturi, sia creando le condizioni di umidificazione delle pareti su cui far agire i flussi acidi risalenti dal basso allo stato gassoso.
E' un fatto che la quasi totalità dei sistemi carsici ipogenici dell'Umbria e delle Marche si sviluppino nei settori della massa carbonatica immediatamente adiacenti a zone ad alta perturbazione tettonica (dove profonde ed estese fagliature interrompono la continuità delle sedimentazioni calcaree) e all'interno di marcati corrugamenti della crosta terrestre. Questa particolare collocazione può far pensare che, in ultima analisi, l'origine dei fenomeni carsici profondi umbro marchigiani sia dovuta alla compressione operata dalla collisione fra la massa continentale africana ed euroasiatica, che ha prodotto sia la fratturazione delle stratificazioni rocciose, cioè le vie di drenaggio, che le condizioni di pressione per far risalire i fluidi ipogenici.
Queste risalite si sono realizzate in più fasi (diverse per contenuto termico e capacità aggressiva, intervallate da periodi di normale carsificazione epigenica), in vari stati (liquido, gassoso e misto), alcune volte così calde (130° C) da poter essere definite paramagmatiche (quelle che hanno portato alla formazione di estese incrostazioni di fluorite su cavità preesistenti).
Quest'indirizzo originale dell'ipotesi speleogenetiche delle grotte dell'Appennino umbro marchigiano ha una data d'inizio precisa: la scoperta e l'esplorazione della Buca di Faggeto Tondo a Monte Cucco nel 1985, cui ha fatto seguito, nella stessa cavità, una serie di indagini geomorfologiche e mineralogiche. Da quell'evento il CNS prima e il CENS poi hanno sviluppato una serie di indagini che hanno portato a definire per grandi linee i meccanismi di formazione dei sistemi sotterranei, anche confortati da analoghe scoperte e ricerche fatte dagli americani sulle montagne di Guadalupe (New Mexico).
In quest'ottica nuova hanno dato un contributo fondamentale alla comprensione dei meccanismi ipogenici le ricerche fatte nelle grotte delle Gole di Frasassi. Diverse pubblicazioni sono state fatte in proposito (Menichetti ed altri), attualmente molto citate nella comunità scientifica internazionale.
A seguito della conferma dell'origine ipogenica dei sistemi sotterranei di Monte Cucco e Frasassi, il CENS ha ampliato e aggiornato le ricerche anche in altre cavità dell'Umbria e delle Marche, riscontrandovi elementi geomorfologici e mineralogici tali da poter permettere la giustificazione di un ipotesi ipogenetica anche in questi casi.
Analoghe ricerche, sia pur preliminari e tutte da confermare con ulteriori dati, sono state condotte in grotte di altre regioni europee (Alpi Apuane, Carso, Sicilia, Sardegna, Ardeche, Vercors, Pirenei, tanto per ricordare alcune zone famose). Anche in queste regioni carsiche è verosimile ipotizzare che non poche cavità si siano originate, in tutto o in parte, per la risalita di fluidi termali aggressivi risalenti da parti profonde della crosta terrestre.
Il CENS, in collaborazione con l'Università di Urbino e di Modena e Reggio Emilia, ha portato avanti una sistematica ricerca nelle grotte del Monte Cucco al fine di confermare o meno le ipotesi ipogeniche e, nel caso che siano confermate, stabilire i modi e i tempi della formazione dei sistemi carsici profondi.
Nel maggio 2016 è stato pubblicato, a cura del CENS, il volume "Speleogenesi" a compendio delle ricerche e delle elaborazioni effettuate.